Как ГМО спасает планету и почему люди этому мешают - Анна Витальевна Иванова

123

Безостановочное деление происходит не только тогда, когда клетка, накопившая ошибки, избегает апоптоза. Кроме апоптоза есть еще механизм клеточного старения, его тоже можно избегать при перерождении. Ну а иногда достаточно просто сломать саму контролирующую систему, ограничивающую количество делений, не дожидаясь накопления ошибок в других местах. – Прим. науч. редактора.

124

Еще раз отметим, что все вышесказанное относится к соматическим клеткам животных. Стволовые клетки животных, растительные клетки, а также разные одноклеточные организмы могут делиться бесконечно, не становясь от этого опухолевыми. – Прим. науч. редактора.

125

Биомаркером называют любую характеристику (биологический признак) организма, которая может указывать на состояние здоровья. В генетике под биомаркерами понимают последовательности ДНК (РНК), наличие которых ассоциировано с развитием заболевания.

126

Febbo, P. G., Ladanyi, M., … Birkeland, M. L. (2011). NCCN Task Force Report: Evaluating the Clinical Utility of Tumor Markers in Oncology. Journal of the National Comprehensive Cancer Network, 9(Suppl 5), S-1–S-32. doi:10.6004/jnccn.2011.0137

127

Подробнее об этой истории можно почитать, например, в книге «Кривое зеркало жизни» молекулярного биолога Марии Кондратовой. А гены BRCA1 и BRCA2 после этой истории получили неофициальное название «гены Анджелины Джоли».

128

Cancer Biomarkers / Hala Fawzy Mohamed Kamel and Hiba Saeed Bagader Al-Amodi / October 14th 2015 / DOI: 10.5772/62421. https://www.intechopen.com/chapters/50247

129

Sedighi M., Zahedi Bialvaei A., Hamblin M.R., et al. Therapeutic bacteria to combat cancer; current advances, challenges, and opportunities. Cancer Med. 2019; 8(6):3167–3181. doi:10.1002/cam4.2148 https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC6558487/

130

Kramer M.G., Masner M., Ferreira F.A., Hoffman R.M. Bacterial Therapy of Cancer: Promises, Limitations, and Insights for Future Directions. Front Microbiol. 2018;9:16. Published 2018 Jan 23. doi:10.3389/fmicb.2018.00016. https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC5810261/

131

Nagakura C., Hayashi K., Zhao M., Yamauchi K., Yamamoto N., Tsuchiya H., Tomita K., Bouvet M., Hoffman R.M. Efficacy of a genetically-modified Salmonella typhimurium in an orthotopic human pancreatic cancer in nude mice. Anticancer Res. 2009 Jun;29(6):1873–8. PMID: 19528442. https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/19528442/

132

Lynch, Michael, et al. Mutation Accumulation and the Extinction of Small Populations. The American Naturalist, vol. 146, no. 4, [University of Chicago Press, American Society of Naturalists], 1995, pp. 489–518, http://www.jstor.org/stable/2462976

133

Human Genome Project FAQ. https://www.genome.gov/human-genome-project/Completion-FAQ

134

CELL BIOLOGY BY THE NUMBERS / HOW BIG IS THE “AVERAGE” PROTEIN? http://book.bionumbers.org/how-big-is-the-average-protein/

135

Когда-то давно в наших предках псевдогены тоже были генами и выполняли какие-то свои задачи. Но позже в них произошли мутации, сделавшие их непригодным – по ним стало нельзя построить работающий белок. С тех пор они остаются в геноме мертвым грузом, интересным только для биоинформатиков, которые могут с их помощью восстанавливать картину эволюции.

136

Palazzo A.F., Gregory T.R. The case for junk DNA. PLoS Genet. 2014;10(5): e1004351. Published 2014 May 8. doi:10.1371/journal.pgen.1004351. https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC4014423/

137

На всякий случай напомню, что применение слов «решает», «планирует» и подобных к процессу эволюции лишь красивая метафора и не более. Эволюция – довольно хаотичный процесс, основанный на последовательности случайностей, где неудачные варианты отсекаются условиями отбора (но не всегда).

138

По последним данным, частота ошибок может быть распределена не равновероятно по длине генома. Важные кодирующие регионы реже подвергаются мутациям, чем некодирующие. Предполагается, что это связано с эпигенетическими надстройками и пространственной структурой молекул (Monroe, J.G., Srikant, T., Carbonell-Bejerano, P. et al. Mutation bias reflects natural selection in Arabidopsis thaliana. Nature 602, 101–105 (2022). https://doi.org/10.1038/s41586–021–04269–6). Несомненно, этот факт вносит некоторые поправки в проведенные в главе расчеты, но оставляет их достаточно корректными.

139

UniProtKB/Swiss-Prot protein knowledgebase release 2022_01 statistics. https://ftp.uniprot.org/pub/databases/uniprot/previous_releases/release-2022_01/knowledgebase/UniProtKB_SwissProt-relstat.html

140

UniProtKB/TrEMBL PROTEIN DATABASE RELEASE 2022_01 STATISTICS. https://ftp.uniprot.org/pub/databases/ uniprot/previous_releases/release-2022_01/knowledgebase/UniProtKB_TrEMBL-relstat.html

141

The Protein Puzzle / 3 | 17 MaxPlanckResearch. https://www.mpg.de/11447687/W003_Biology_medicine_054–059.pdf

142

Wang, E. T., Sandberg, R., Luo, S., Khrebtukova, I., Zhang, L., Mayr, C., … Burge, C. B. (2008). Alternative isoform regulation in human tissue transcriptomes. Nature, 456(7221), 470–476. doi:10.1038/nature07509. https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/18978772/

143

Human Genome Project FAQ. https://www.genome.gov/human-genome-project/Completion-FAQ

144

Lei Q, Li C, Zuo Z, Huang C, Cheng H, Zhou R. Evolutionary Insights into RNA trans-Splicing in Vertebrates. Genome Biol Evol. 2016;8(3):562–577. Published 2016 Mar 10. doi:10.1093/gbe/evw025. https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC4824033/

145

Nigro, J. M., Cho, K. R., Fearon, E. R., Kern, S. E., Ruppert, J. M., Oliner, J. D., … Vogelstein, B. (1991). Scrambled exons. Cell, 64(3), 607–613. doi:10.1016/0092–8674(91)90244-S. https://www.cell.com/fulltext/0092–8674(91)90244-S. Caldas, C., So, C. W., MacGregor, A., Ford, A. M., McDonald, B., Chan, L. C., & Wiedemann, L. M. (1998). Exon scrambling of MLL transcripts occur commonly and mimic partial genomic duplication of the gene. Gene, 208(2), 167–176. doi:10.1016/S0378–1119(97)00640–9. https://www.sciencedirect.com/science/article/abs/pii/S0378111997006409

146

Здесь, мне кажется, любопытной для читателя будет информация о соотношении размеров экзонов и интронов. Для генома человека они таковы: большинство (около 80 %) экзонов в длину меньше 200 нуклеотидов, а большинство (около 90 %) интронов состоят из более чем 20, но менее чем 11 000 нуклеотидов. Поэтому на иллюстрациях обычно принято обозначать экзоны намного более короткими, чем интроны. Хотя теперь вы знаете, что это не всегда так75.

147

Sakharkar M.K., Chow V.T., Kangueane P. Distributions of exons and introns in the human genome. In Silico Biol. 2004;4(4):387–93. PMID: 15217358. https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/15217358/

148

MLL (Gene). https://www.sciencedirect.com/topics/neuroscience/mll-gene.

149

Lamolle, G., Musto, H. Why Prokaryotes Genomes Lack Genes with Introns Processed by Spliceosomes?. J Mol Evol 86, 611–612 (2018). https://doi.org/10.1007/s00239–018–9874–4. https://link.springer.com/article/10.1007/s00239–018–9874–4

150

Liti, G. (2015). The fascinating and secret wild life of the budding yeast S. cerevisiae. eLife, 4. doi:10.7554/eLife.05835.

151

Fraczek M.G.,